净除业障，是佛法中不可或缺、非常重要的一个行门，只有消了业障，才能开启智慧。有人会想：念阿弥陀佛一样可以净除业障，何必多此一举再加念金刚萨埵心咒呢？
回答：念阿弥陀佛并不是不能消业障，念金刚萨埵心咒也并不是不能往生（只要具足信愿行，万善都可归向净土，成为往生的资粮）。净土宗第十三祖圣量光公大师说：“到底是念阿弥陀佛好，还是念观音圣号好，何必多此一种闲计较？末法时代劫难多，众生痛苦深重，观世音菩萨悲愿弘深，救苦救难，感应最著，所以我常劝人在念佛外兼念大士名号，以期很快能获得大士的冥显垂护。但这并不是说念佛就得不到感通，念佛之外一定要兼念观音圣号，专念佛号当然可以，兼念观音圣号也可以的。”光公的这段开示，就说明不同的名号、心咒在名言中自有着重在某个方面的功用，不可执此废彼，势同水火。
虽然从实相而言，诸佛在法界中同一意味，所谓“十方三世佛，同共一法身”，没有一者、他者的区别，但是从名言现相上来说，诸佛的心咒和名号，随着学地各自的愿力和众生的因缘，在显现上也会有侧面上的不同，比如有些心咒特别能增上智慧，有些心咒特别能增上信心，有些心咒特别能增上大悲……。而金刚萨埵心咒特别能消业障，是最为殊胜的忏悔法门。
为什么依靠具德金刚萨埵能够净除罪障、成就二利呢？因为金刚萨埵在因地曾经发愿道：“愿我未来现证佛果时，若有众生已造五无间罪、毁坏誓言，只要闻我名号、作意于我、念诵百字咒王，一切罪障都可无余清净，此愿若不成就，我誓不成佛，愿我住于破戒者前，一切罪障都能清净。”现在金刚萨埵已经成佛，他的大愿完全实现，所以念修金刚萨埵本尊和心咒一定可以清净无边的罪障。续部中说：“仅念一遍上师金刚萨埵心咒，也是对自己的大护持，而且刹那获得殊胜悉地。”还有续部说：“若能如理念诵十万遍心咒，即可清净毁坏根本誓言的重罪。”阿底峡尊者曾说：“修学小乘、大乘、密乘最重要的是忏除业障，在八万四千法门中，在忏除罪障上最有加持的就是密乘中金刚萨埵的修法。”皈依具德金刚萨埵，如法念修金刚萨埵心咒，具足四和对治力，一定能清净业障。
净土行者之所以不容易往生，就是因为相续染污得太厉害、罪业深重，乃至临终仍然现行粗大的烦恼，对往生作严重的障碍，如果平时多念修金刚萨埵心咒，罪业得以减轻乃至清净，临终时就不会起很大的烦恼现行而对往生作障碍，自然能面见诸佛、径趋极乐。罪业轻了，障碍少了，不但往生有了保证，往生的品位也会更高啊，所以这两个法门应该结合起来，念佛的人最好能兼修金刚萨埵心咒，将念佛和持咒的功德都发愿往生西方极乐世界。
心咒具有不可思议的功用，拿汉传佛教来说，各宗各派的大德多有兼持密咒的。如天台宗第三祖南岳慧思大师行方等忏（依《大方等陀罗尼经》）而证得六根清净位（就是别教的十信位、圆教的相似即位，已断除见、思惑），贤首宗第四祖清凉澄观国师也是专行方等忏法。净土宗第九祖藕益旭公大师非常注重修忏悔法门，他老人家自己一生念了地藏王菩萨灭定业真言数千万遍，楞严咒数百万遍，并常闭关修净土忏仪、占察忏仪、大悲忏仪、金光明忏仪等忏法。
哪怕是禅门里无一实法予人的宗匠，也有常持心咒的，如唐代以一指禅闻名于世的金华俱胝禅师就常持准提佛母心咒，民国灵隐寺宗门大德慧明老和尚常劝导禅者念观世音菩萨六字大明咒，并将功德回向净土，说这是“禅净密兼修”，还有些宗匠主张借助心咒来消除修法过程中的障碍，如憨山清公大师说：“陀罗尼，此云总持，谓总一切法，持无量义，乃一心之异称。而云神咒者，乃一切诸佛秘密实相心印，即如世之大将兵符耳。上根利智修行之士，能一超直入，奈何无始习气，微细幽潜，虽以止观之力而消磨之，盖有深固幽远，殊非智力可到者，苟非仰仗诸佛如来秘密心印咒轮而攻击之，倘内习一发，则外魔易侵，如此又何能出生死，证真常，而入寂光净土哉？
是故修行者，无有一人不仗秘密神咒收功故也。盖行有显密，前正观之力，所谓显行，此陀罗尼，乃密行耳。《首楞严》云：‘若修行人，习气未除，应当一心诵我悉怛哆钵怛啰秘密神咒。’此所以法华三昧妙行功圆，世尊忧愍末法，复说此陀罗尼品，以深防邪误，是所谓以神力加持也。……行人于生死险难之中，而欲证菩提，非神力加持，又何以济众难出险道乎？”又说：“若藏识中习气爱根种子坚固深潜，话头用力不得处，观心照不及处，自己下手不得，须礼佛诵经忏悔。 又要密持咒心，仗佛密印以消除之。以诸密咒，皆佛之金刚心印，吾人用之，如执金刚宝杵，摧碎一切物，物遇如微尘。从上佛祖心印秘诀皆不出此，故曰：‘十方如来，持此咒心，得成无上正等正觉。’然佛则明言，祖师门下恐落常情，故秘而不言，非不用也。”
